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自然通訊:讓RNA分析更容易的新工具
2015/8/11 14:51:10 瀏覽次數:181
自然通訊:讓RNA分析更容易的新工具
 
    生物通報道:最近,由美國國家標準與技術研究所(NIST)開發的一種新的創新型“儀表板”,它不會幫你開車,但是卻有助于生物學中的重復性研究。
    在《自然通訊》(Nature Communications)發表的一篇論文中,一個國際多實驗室團隊演示了一種新的軟件工具——erccdashboard,來評估用以研究基因表達的實驗方法的性能。
     該分析工具被設計為,與NIST主持的External RNA Controls Consortium(ERCC)開發的RNA spike-in對照一起使用。這些ERCC對照是由External RNA對照(2013年由機構發行,標準參考資料2374)DNA序列實驗室產生。
     本文第一作者Sarah Munro稱:“在基因表達實驗中,科學家們試圖通過同時量化基因組表達的幾千個RNA分子,來了解細胞的生物活性如何由包含在其基因組中的遺傳信息而引起。”
     Munro說,由erccdashboard提供的驗證,是確保這些復雜實驗的重復性所必不可少的。她解釋說:“基因表達實驗的結果往往被用來做出醫療決定,例如識別哪種藥物對于特定患者是最好的。我們的新軟件工具,可以使研究人員測量這種方法用于任何實驗的性能,評估實驗隨時間推移、在實驗室之間的重復性和再現性,并確認這些結果是可信的。”
     Erccdashboard提供了第一種標準化的方法,用于任何實驗室來評估基因表達分析的質量。ERCC spike-in控制材料來自于NIST SRM 2374,由96種不同的DNA分子組成,每種都有一段特定認證的基因序列。該DNA產生的不同RNA分子,可以混合成確定比例的“雞尾酒”,然后用來“spike”RNA分子的生物樣品。RNA "spike-in"分子作為對照,來檢測實驗的技術性能。為了避免干擾由樣品RNA分子組成的測量,ERCC對照RNA序列,旨在與許多研究人員研究的各種哺乳動物細胞(例如人類或小鼠細胞)中發現的RNA序列不同。
     Munro說,此前,沒有標準的技術方法來分析基因表達實驗中所獲得的數據。她解釋說:“ERCC對照材料,使我們新的驗證工具——erccdashboard的發展成為可能。”
     Munro說,新的NIST軟件,為生物學家評估任何基因表達實驗,提供了一種簡單的“交鑰匙”機制。她說:“它的性能指標,被設計成不依靠實驗所用測量技術的類型,所以當技術隨著時間的推移而提高時,結果還可以進行比較。利用dashboard,將使重復性研究成為可能,并防止研究人員從低質量的實驗數據得出錯誤的結論。”
     Munro說,開發dashboard的NIST團隊下一個目標是,將這種軟件應用到分析ERCC目前正在研發的一組新RNA對照分子。最終,該團隊計劃把這種工具的使用范圍擴展到蛋白質測量。
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