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利用Illumina Long-read測序技術對人和小鼠腦組織進行轉錄組測序
2015/8/11 14:54:32 瀏覽次數:176

利用Illumina Long-read測序技術對人和小鼠腦組織進行轉錄組測序 

 
      近日,斯坦福大學教授Michael P Snyder和他的團隊利用Illumina HiSeq平臺的Long-read測序技術成功對人和小鼠的腦組織完成轉錄組測序。研究成果發表在Nature Biotechnology雜志(IF: 41.514)上。

Michael P Snyder教授和他的團隊的研究成果為首篇利用Illumina平臺的Long-read測序技術進行轉錄組測序的文章,具有重大意義。

作者將Long-read測序的結果同先前的PacBio平臺轉錄組測序結果進行比較,發現Long-read平臺在測序時5‘端的堿基錯誤率低于PacBio平臺的結果。

作者將本文的Long-read測序平臺得到的平均讀長進行統計,人腦樣本的RNA平均長度為1,906bp,小鼠腦樣本的RNA平均長度為1,849bp,均高于之前文章中利用PacBio平臺對人轉錄組的測序長度。

此外,作者對測序結果中的同源異構體(isoform)做了分析,發現較多新的同源異構體,并對新的同源異構體在編碼基因、lncRNA、假基因中的分布做了統計。對某些特定基因的同源異構體進行分析,發現存在內含子保留事件和長轉錄本的外顯子跳躍事件。

最后,對交替外顯子的分子關聯做了分析,包括不同FDR值條件下的特有遠端交替外顯子的數量進行統計,以及對人和小鼠的遠端分子關聯外顯子的保守性進行了分析。

與現有的Illumina、PacBio平臺的轉錄組測序技術相比,Illumina long-read測序技術兼顧Illumina的測序深度大、PacBio平臺讀長長的特點,保證了表達量的正確性和轉錄本結構的正確性,為轉錄組測序的研究提供了更為可靠的技術手段。 

派森諾生物市場部整理 

原文檢索:

Hagen Tilgner, Fereshteh Jahanbani, Tim Blauwkamp et al. Comprehensive transcriptome analysis using synthetic long-read sequencing reveals molecular co-association of distant splicing events. Nature Biotechnology 33, 736–742 (2015) doi:10.1038/nbt.3242

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