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Roche GS FLX System是一種基于焦磷酸測序原理而建立起來的高通量基因組測序系統。在測序時,使用了一種叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它含有160多萬個由光纖組成的孔,孔中載有化學發光反應所需的各種酶和底物。

送樣要求:

無參考基因組的轉錄組測序

1. 總RNA:針對Illumina測序平臺,濃度≥80 ng/ul,總量≥12 μg;針對Roche 454 FLX+平臺,濃度≥200 ng/μl,總量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之間,OD260/230值應≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;并確保RNA無降解,無污染;或提供濃度≥50 ng/μl,總量≥1 μg的mRNA。同時,提供質量檢測相關數據和圖片,包括分光光度計、電泳膠圖或Nanodrop儀器檢測數據。一般不建議提供mRNA,較難定量。

2. 組織樣品:動物、植物、微生物總量大于500 mg的新鮮樣品(植物材料應盡量選取幼嫩部位)。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍,保存于-80℃(保存期不超過一個月),送樣時使用干冰運輸(不超過72 h);提取RNA后經變性電泳,保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。特別要求樣品分成3份,方便后續提取,避免同一份樣品反復凍融造成樣品降解。

3. 細胞樣品:先使用TRIzol試劑進行處理,每0.25 mL樣品(5-10×106個細胞)加入0.75 mL TRIzol試劑(可參考TRIzol試劑說明書),于-80℃保存,并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經TRIzol處理的細胞樣品。

4. 樣品保存期間切忌反復凍融。

5. 送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。


基因表達譜測序

1、總RNA:針對Illumina測序平臺,濃度≥80 ng/ul,總量≥12 μg;針對Roche 454 FLX+平臺,濃度≥200 ng/μl,總量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之間,OD260/230值應≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;并確保RNA無降解,無污染;或提供濃度≥50 ng/μl,總量≥1 μg的mRNA。同時,提供質量檢測相關數據和圖片,包括分光光度計、電泳膠圖或Nanodrop儀器檢測數據。一般不建議提供mRNA,較難定量。

2.、組織樣品:動物、植物、微生物總量大于500 mg的新鮮樣品(植物材料應盡量選取幼嫩部位)。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍,保存于-80℃(保存期不超過一個月),送樣時使用干冰運輸(不超過72 h);提取RNA后經變性電泳,保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。特別要求樣品分成3份,方便后續提取,避免同一份樣品反復凍融造成樣品降解。

3、細胞樣品:先使用TRIzol試劑進行處理,每0.25 mL樣品(5-10×106個細胞)加入0.75 mL TRIzol試劑(可參考TRIzol試劑說明書),于-80℃保存,并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經TRIzol處理的細胞樣品。

4、樣品保存期間切忌反復凍融。

5、送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。




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